所有软件都有缺陷。有时，缺陷可能被利用，例如允许用户获得提升的权限（可能获得 root shell，或者仅仅访问或删除其他用户的文件），或允许远程站点使应用程序崩溃（拒绝服务），或窃取数据。这些缺陷被标记为漏洞。
漏洞记录的主要地点是 cve.mitre.org。不幸的是，许多漏洞编号（CVE-yyyy-nnnn）在发行版开始发布修复程序时最初仅被标记为“保留”。此外，某些漏洞可能适用于特定的 configure 选项组合，或者仅适用于 BLFS 中早已更新的旧版本软件包。
BLFS 与发行版不同——没有 BLFS 安全团队，编辑人员只有在漏洞公开后才意识到它们。有时，存在漏洞的软件包在书中很长时间不会更新。问题可以记录在 Trac 系统中，这可能会加快解决速度。
BLFS 修复漏洞的正常方式，理想情况下，是将书中软件包更新到新的修复版本。有时这甚至在漏洞公开之前就已发生，因此不能保证在更新日志中会显示为漏洞修复。或者，可能适用 sed 命令或从发行版中获取的补丁。
最重要的是，您对自己的安全以及评估任何问题的潜在影响负责。
编辑人员现在为 BLFS（和 LFS）中的软件包发布安全公告，可在 Linux From Scratch 安全公告 中找到，并根据上游报告或 nvd.nist.gov（如果有详细信息）中显示的内容评定严重性。
为了跟踪新发现的问题，您可能希望关注一个或多个发行版的安全公告。例如，Debian 有 Debian 安全。Fedora 的安全链接位于 Fedora 维基。Gentoo Linux 安全公告的详细信息在 Gentoo 安全 中讨论。最后，Slackware 的安全公告存档位于 Slackware 安全。
最通用的英文来源可能是 Full Disclosure 邮件列表，但请阅读该页面上的评论。如果您使用其他语言，您可能更喜欢其他站点，如 heise.de（德语）或 cert.hr（克罗地亚语）。这些并非特定于 Linux。此外，lwn.net 每天为订阅者提供更新（数据在 2 周后免费访问，但他们在 lwn.net/Alerts 的漏洞数据库不受限制）。
对于某些软件包，订阅其“公告”列表将及时提供新版本的消息。